8 февраля ежегодно отмечается профессиональный праздник российских ученых - День российской науки. Основными научными направлениями СИ (филиал) УУНиТ являются биология, экология, экономика, экономические теории, менеджмент, математика, информатика, история, педагогика, технические науки, философия, филология, юриспруденция.
В институте функционируют такие научные школы: 
Техногенное загрязнение окружающей среды предприятиями горнорудной промышленности. Научный руководитель (основатель) - д-р биол. наук, проф., академик РАЕ Янтурин Сафаргали Искандарович. По данной научной школе защищено 13 докторских и 26 кандидатских диссертаций, издано более 80 статей в изданиях, включенных в перечень ВАК, более 50 монографий. Институционально-эволюционный аспект развития экономики страны, региона и сельской местности. Научный руководитель (основатель) - д-р экон. наук, проф. Барлыбаев Адигам Агзамович. По данной научной школе защищено 2 докторских и 11 кандидатских диссертаций, издано более 40 статей в изданиях, включенных в перечень ВАК, 17 статей в научных журналах мира, индексируемых на базе Scopus и более 15 монографий.
Теория и методика обучения (по областям и уровням образования). Научный руководитель (основатель) - д-р пед. наук, доцент, профессор кафедры ЭТТМиК Валеев Азат Салимьянович. По данной научной школе защищено 1 докторская и 4 кандидатских диссертаций, издано 32 статей в изданиях, включенных в перечень ВАК, 5 статей в научных журналах мира, индексируемых на базе Scopus, и 9 монографий.
Зауральская школа прикладной экологии. Научный руководитель (основатель) д-р биол. наук, проф., академик АН РБ, академик РАЕ Суюндуков Ялиль Тухватович. По данной научной школе защищено 4 докторских и 22 кандидатских диссертаций, издано более 150 статей в изданиях, включенных в перечень ВАК, более 40 статей в научных журналах мира, индексируемых на базе Scopus и Web of Science, 18 монографий.
НИРС является неотъемлемым элементом в системе образования СИ (филиала) УУНиТ. Используются различные формы приобщения студентов к научно-исследовательской работе. К их числу относятся:
- работа в научных кружках, проблемных группах, студенческих научных обществах;
- участие в региональных, всероссийских, международных научных конференциях;
- участие в вузовских, городских и областных выставках научно-исследовательских работ;
- участие в конкурсах разного уровня на лучшую студенческую научную работу, на лучший инновационный проект, на соискание именных стипендий, студенческие публикации;
- привлечение студентов в качестве соисполнителей по хоздоговорным темам и грантам.
Ежегодно в Сибайском институте (филиале) УУНиТ проводится Всероссийская студенческая научно-практическая конференция «Неделя науки» с изданием сборника трудов, в целях развития навыков научно-исследовательской работы и поискового творчества, привлечения студентов к научно-исследовательской деятельности.
Проводится конкурс на звание «Лучший студент года по научно-исследовательской работе - 2023». Студентами СИ (филиала) УУНиТ опубликовано 269 научных работ. На конкурсах и выставках студентами получено 54 наград (медали, дипломы, грамоты, премии и т.п.).
Сибайским институтом (филиалом) УУНиТ в 2023 году были организованы 2 Всероссийские конференции с международным участием и 1 Международная научно-практическая конференция «Устойчивое развитие территорий: теория и практика», соорганизаторами которой выступили Монгольский государственный университет науки и технологий (г. Улан-батор, Монголия), Научный центр гуманитарных исследований (г. Будапешт, Венгрия), НАО «Жетысуский университет имени Ильяса Жансугурова» (Республика Казахстан). На конференции были представлены более 250 докладов, в том числе доклады ученых из Японии, Венгрии, Монголии, Азербайджана, Казахстана, Узбекистана, Кыргызстана.
